لدى د.السيد محمد علي الحسيني أكثر من سبعين كتابا في المواضيع الإسلامية والسياسية وهي مطبوعة وترجم منها إلى اللغة الفرنسية والإنجليزية وآخر إصداراته باللغة العربية نداء الإسلام, فقه الوحدة الإسلامية، السنة والشيعة والجامع المشترك، ونحو إسلام معتدل، أصالة الاعتدال والوسطية في الإسلام، خطورة الطائفية وسبل مواجهتها، العنف واللاعنف.